ハロウィンシーズンで賑わう東京渋谷。
渋谷ヒカリエでとある結婚式が執り行われていた。そこには、ウェディングドレスに身を包んだ警視庁・佐藤刑事の花嫁姿が。コナン達招待客が見守る中、突然乱入してきた暴漢が襲い掛かり、守ろうとした高木刑事がケガを負ってしまう。高木は一命を取りとめ事態は収束したが、佐藤の瞳には、3年前の連続爆破事件で、想いを寄せていた松田刑事が殉職してしまった際に見えた死神のイメージが、高木に重なって見えていた。
時を同じくして、その連続爆破事件の犯人が脱獄。果たしてこれは偶然なのか？ 公安警察の降谷零（安室透）が、同期である松田刑事を葬った因縁の相手を追い詰めるが、そこに現れた謎の仮装の人物に、首輪爆弾をつけられてしまう。
首輪爆弾解除のために安室が潜伏している地下シェルターを訪れたコナンは、3年前に今は亡き警察学校時代の同期メンバー達と正体不明の仮装爆弾犯「プラーミャ」と渋谷で遭遇した事件の話を聞く。やがて、捜査を進めるコナン達を狙う不穏な影が―。
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